Kimi Antonelli ha devuelto a Mercedes a la cabeza de la tabla de tiempos, terminando la última sesión de entrenamientos libres en Suzuka como el más rápido. El joven piloto italiano aventajó en dos décimas y media a su compañero de equipo George Russell, quien previamente había sido el más veloz en la FP1 del viernes. Después de que McLaren liderara la segunda sesión de prácticas, los rivales de Mercedes se encontraron significativamente más atrás en la mañana del sábado.
Charles Leclerc aseguró la tercera posición para Ferrari, aunque quedó a unas considerables ocho décimas y media del impresionante tiempo marcado por Antonelli. Oscar Piastri de McLaren ocupó el cuarto lugar, buscando arrancar su temporada este fin de semana tras perderse los dos primeros Grandes Premios. No obstante, Piastri está bajo investigación por parte de los comisarios debido a un presunto incidente de estorbo durante la sesión. Lewis Hamilton, al volante del segundo Mercedes, se hizo con el quinto puesto, a solo dos centésimas de segundo del tiempo de Piastri.
Lando Norris sufrió un problema en el sistema ERS (Sistema de Recuperación de Energía) antes del inicio de la sesión y solo pudo salir a pista tarde para prepararse para la clasificación. Por su parte, Audi mostró un ritmo prometedor con Nico Hülkenberg terminando séptimo y Gabriel Bortoleto noveno. Entre estos dos coches se encontraba Max Verstappen, visiblemente descontento con el rendimiento de su monoplaza durante la sesión, lo que lo ubicó en la octava posición. Pierre Gasly completó los diez primeros para Alpine.
La sesión transcurrió con pocos incidentes importantes, salvo un trompo a alta velocidad de Oliver Bearman en la Curva 14.
